フッ素を歯に塗ると、歯の主成分であるリン酸カルシウム（アパタイト）と反応して酸に解けにくい化合物（フルオロアパタイト）を作るので歯の表面を固く丈夫にします。また、むし歯菌は糖分を栄養にして歯を溶かす酸を作ります。そのとき菌は自分で酸素を作ってたくさん酸を出そうとしますが、フッ素をその酸素を作るのを抑制します。その結果、むし歯菌の出す酸が減るのです。永久歯が硬く成熟する（15歳〜18歳）までの大切な時期にこのフッ素塗布を年に数回繰り返すと長期にわたりむし歯を予防することができます。

むし歯になりやすい乳歯の溝に専用の薬を埋めることで、むし歯を予防します。乳歯に埋め込む薬は永久的なものではないため、定期的な診療が必要ですが、永久歯になるとプラスチックのシーラントを使用するので長期的な予防が期待できます。ただし、あくまで歯の溝への予防ですので歯の表面や間も含めしっかりとしたブラッシングと定期的な検診を心がけましょう。